Aldabra-Schildkröten fallen vor allem durch ihren relativ kleinen Kopf auf, der im Durchmesser nur wenige Zentimeter größer ist als der Hals. Im Gegensatz zur bekannten Galapagos-Riesenschildkröte besitzen die Aldabra-Riesenschildkröten deutlich größere Kopfschuppen und haben einen Nackenschild.
Ähnlich wie bei kleineren Landschildkröten werden auch bei den Aldabra-Riesenschildkröten Männchen und Weibchen unterschiedlich groß. Die Aldabra-Männchen werden insgesamt größer als die Weibchen und haben darüber hinaus einen längeren Schwanz, einen konkaven Bauchpanzer und einen flacheren Rückenpanzer als die Weibchen.





