Das Orchester ist 2008 auf Initiative des Usedomer Musikfestivals gegründet worden. Es setzt sich aus jungen Musikerinnen und Musikern aus dem Ostseeraum zusammen. Das Orchester wurde von Nord Stream 2 unterstützt, beendete die Zusammenarbeit jedoch im Februar 2022 nach dem Überfall Russlands auf die Ukraine. Im Sommer 2023 gab das Baltic Sea Philharmonic in Schwerin ein Benefizkonzert für ukrainische Geflüchtete und Helfer.
Das Land und der Bund haben die Arbeit des Ensembles Martin zufolge in den vergangenen Jahren mit jeweils 300.000 Euro unterstützt. «In Ergänzung zu den zugesagten Bundesmitteln wird auch das Land MV die Arbeit des Orchesters weiter unterstützen», hieß es. Wie hoch der Landeszuschuss 2024 konkret ausfällt, wurde nicht mitgeteilt.
